Ich bin selbst Browserspielentwickler:
Wir benutzen ein von maxmind entwickeltes System, welches Proxys aufspürt (http://www.maxmind.com/app/proxy). Zusätzlich setzen wir temporäre Cookies, bannen IPs für 24h nach dem Klick, vergleichen ob die IP bereits im Spiel vorkommt, filtern Besucher die nicht aus Österreich,Deutschland oer Schweiz kommen etc.
Wir haben ein riesiges System aufgebaut, welches ungültige Klicks rausfiltert.
Sollte ein Klick durchkommen und als value gezählt wird, überprüft ein Team von 2-3 Personen diese Klicks. Dieses Team kann ebenfalls Klicks annullieren, Diebspielsperren verhängen etc.

Bei einem noch größeren Spiel wie Pennergame kann ich mir gut vorstellen, dass einer dieser Schutzmechanismen eingesetzt werden.