Brenne nicht als Daten-CD, sondern als ISO Image (geht bei Nero 6 bei "Disk-Image auf Disk brennen" (o,Ä.) Damit wird auch der MBR übernommen.

Installiere Ubuntu auf jeden Fall OHNE Wubi, sondern lieber direkt mit der CD (ich weiß, dass du das sowieso machen willst, aber die anderen sollen es auch nochmal lesen)