Ich tippe den Fehler auf die unterschiedlichen Versionen. Dein System nutzt einen Kernel, den du so nicht als Headerbezeichnung installiert hast.
Da der Pfad in der Makefile aber über uname -r (Zeile 82 in der Makefile) abgefragt wird, und dieser "2.6.31.12-0.1-desktop" ausgibt, deine Header jedoch XX-31.4 sein sollten, könntest du mal versuchen in der Makefile den Pfad anzupassen.
Gleiches müsstest du dann mit der Moddir machen, damit er weiß wohin ers packen soll. Alternativ könnest du auch einen Softlink ersellen, wenn du nicht an der Makefile rumwerkeln willst.
Ich bin mir nicht sicher, wenn es nicht geht, such am besten mal den Header des genutzen Kernels, oder den passendes Sourcecode. Alternativ könntest du aber auch dann den Kernel wechseln. Jedoch bin ich in guter Hoffnung, dass der Softlink/ die angepasste Makefile ausreichend ist.

MfG

Edit: Du kannst am besten mal überprüfen, was in /lib/modules/ für ein Kernel ist. Dann weißt du auch wie du / wohin du den Softlink setzen musst.