Wenn du auf das Ziel hinarbeiten möchtest, irgendwann einmal einen Crypter zu schreiben, würde ich ihn in C++ schreiben. Man kann jemandem schlecht eine Programmiersprache 'empfehlen', denn der Erfolg hängt davon ab, wie gut du mit der Sprache zurecht kommst.
C++ ist eine (relativ) maschinennahe Sprache und umfangreich genug. Die WinAPI beinhaltet fast alles, was du brauchst, um einen Crypter zu schreiben.

Allerdings lassen sich gewisse Teile besser in Assembler schreiben, doch das wirst du selber merken, falls du dich damit tiefgründiger beschäftigst.

Dein Ziel, einen Crypter zu schreiben, beinhaltet neben dem erfolgreichen Verständis und Umgang einer Programmiersprache auch noch das Wissen über das PE (Portable Executable) Format.