Apex, die Skype-Entwickler sind es, die den Administratoren das Leben schwer machen. Dutzende Verbindungen und obskure Pakete, wenn man da noch den Überblick über sein Netzwerk behalten will, sollte man wohl eher auf Skype verzichten. Die Entwickler müssen damit rechnen, dass so etwas passiert, wenn sie sich allein auf security by obscurity verlassen...
Das so etwas auch abgehört werden kann, ist klar. Dessen sollten sich die Nutzer bewusst sein - du nutzt schließlich auch ICQ, obwohl du diverse Copyrights abtrittst. Nur weil es für dich eine Gefahr darstellen mag (wobei ich dir ein gewisses Maß an Paranoia unterstelle), macht es die Arbeit desjenigen nicht schlechter.
Bitte erst nachdenken, bevor du von anderen behauptest, sie hätten keinen "Skill". Die Gefahr bleibt für Privatanwender überschaubar gering.