Das ist doch grundlegend?
Gib dem Programm eine Versionsnummer und lass diese mit einer Nummer in einer Datei auf deinem Server vergleichen.
Wenn die alten nicht mehr benutzt werden sollen, änderst du einfach die Nummer auf deiner Webseite.
Fertig.

Die dazu nötigen Sachen gibt es sicherlich bei Google . . .