Der komplette Log wäre gut gewesen.

Im Falle eines proFTPd halte ich es für wahrscheinlich, dass durch den Idle-Timeout die Übertragung abgebrochen wird.
Solltest du Zugriff auf den Server haben, stell einfach die Idle-Time niedriger.

Die entsprechenden Optionen in der conf sollten folgende sein, Zeit in sec einfach dahinter schreiben:

Code:
TimeoutIdle 
TimeoutNoTransfer
TimeoutStalled
TimeoutSession
Eventuell erstellt FileZilla zwei Sessions: Eine zum Übertragen und eine weitere, damit man auf dem FTP browsen kann. Sollte eine von den beiden Sessions geschlossen werden, könnte auch die andere davon betroffen sein.