Eh, was möchtest du jetzt genau?
Hast du die Batch Datei in das SFX Archiv gepackt und möchtest es nach dem entpacken ausführen lassen?

Das Command 'cd' funktioniert immer, und ich verstehe gerade nicht ganz, wieso es nicht funktionieren sollte.
Wenn du die Batch Datei nach dem entpacken direkt ins systemroot kopieren lässt ersparste dir doch somit den Command, sofern deine Batch Datei aufs Systemroot zugreift.