Wieso einzeln???
Mach dir doch einen Ordner auf dem Desktop mit den jeweiligen Unterordnern!

Mit iFunBox kannst du jeden einzelnen Ordner auf deinem iPhone aufrufen und bearbeiten/verschieben/kopieren.........
Es gibt meiner Meinung nach keine andere Lösung.. Wobei - Beim nächsten mal besser Ordnen, danach klappt es mit dem Backup auch besser! :p