Hallo,
das sich die Pfade bzw der Laufwerksbuchstabe aendert hast du richtig erkannt - das gilt es zu beachten. Die Daten an sich bleiben ja sonst so wie sie sind.
Ich wuerde daher an deiner Stelle vor dem Verschluesseln der Festplatte einen neuen Buchstaben nehmen (z.B. Statt E dann F) somit waere E dann wieder "frei". Deine Programmen haben aber ueberall noch E:\ als Laufwerksbuchstaben hinterlegt.
Wenn du deine verschluesselte Festplatten dann mounten moechtest, kannst du in TrueCrypt (bzw. VeraCrypt empfiehlt sich eher) dann wieder E als Laufwerksbuchstaben auswaehlen. Sollte zumindest in der Theorie klappen.
Verstanden soweit? Sonst nochmal kurzversion:
Deiner zusaetzlichen Festplatte _vor_ dem Verschluesseln einen neuen Laufwerksbuchstaben zuordnen und spaeter beim mounten dann den vorherigen Laufwerksbuchstaben als Ziel auswaehlen.