Es gibt da mehrere Wege:
1.) Die Sprache bietet dir von Haus aus so eine Funktion (wie z.B. bei PHP die eval() Funktion)
2.) Du führst die Datei einfach aus, als hätte der User diese Datei per hand angeklickt. Verstanden?
3.) Du baust dir selbst so eine Art Interpreter, der ein paar der Funktionen versteht und ausführt.