Nachdem ich den Thread hier gelesen habe, und meine erste Reaktion war: Schade, nix für Linux, hab ich mal etwas gegooglet und das Ergebnis möchte ich mal hier zu posten:

Wer hätte es gedacht, natürlich gibts sowas auch für Linux *g*.

Was braucht ihr dazu?:
Eine die Systemvorraussetzungen von Compiz müssen erfüllt sein, bzw es. muss installiert sein und sollte laufen.
Das Plugin heißt copmpiz-plugin-anaglyph
Der Quellcode des Plugins ist hier zu finden:
git clone git://anongit.compiz-fusion.org/users/wodor/anaglyph
Naja, für unsere faulen Leute, die können sich ja Binärpakete selber ergooglen, ansonsten hier noch ein Link http://blog.chip.de/chip-linux-blog/...r-3d-20071102/ dazu.

MfG