Kannst du das mal erläutern?
Wenn du vorhast, das ganze noch mal weiter zu entwickeln bzw. die Sourcen zur Verfügung zu stellen und relativ viele Abhängigkeiten hast, würd' ich dir Maven empfehlen. Eine XML regelt alle Abhängigkeiten...
Damit wäre das Projekt also für alle einfach aufzusetzen. Ansonsten, ist es eigentlich egal, welchen Builder du nimmst, wenn's dir nur um die executable geht.