Bei debian basierenden Distris zb. ist es schwer den Trojaner auf den REchner zu bringen weil alles durch die Paketverwaltung druf muss...
Bei Debian kann man genauso Binaries ausführen, wie auf jedem anderen Linux-System auch.

Aber alleine das Rechtemanagement sollte reichen solch einen Schädling abzuwehren.
Das Rechtemanagement verhindert, dass irgendwelche wichtigen Dateien gelöscht oder verwendet werden können, aber starten kannst du als User Trojaner trotzdem. Der kann dann aber auch nicht mehr machen, als der Benutzer machen könnte (Sofern er nicht automatisch irgendwas exploited).

Zur Frage, was besser ist:
http://www.felix-schwarz.name/files/...nicht_Windows/

Allgemein empfehle ich aber trotzdem Linux, schon allein, weil es ein freies System ist. Und weil man so tolle Shellscripts schreiben kann.
(Jaja, BSD usw. auch...)

Lies dir am besten mal ein paar gute Anleitungen durch, zum Beispiel www.selflinux.org . Es kann sicherlich nicht schaden, wenn man mit mehreren Systemen umgehen kann.