Ein Programm muss doch nicht umbediengt auf Windows laufen
...
Naja im Programmcode müssen je nach dem gar keine Unterschiede zu sehen sein.
Nur in der Executable sind die Unterschiede
... Wenn du reines ANSI-C++ schreibst und nicht ieine API oder so benutzt.

Also jetzt mal zur Verständlichkeit: C++ ist eine ziemlich hybride Sprache. Das heißt, sie kann mit so ziemlich dem deselben Programmcode unter dem jeweiligen Betriebssystem kompiliert werden. Vorraussetzung dafür ist jedoch, dass du keine OS spezifische Funktionen nutzt. Wenn du z.b. system("Pause"); versuchst unter Linux einzusetzten gibts Fehler

Aber ein Programmm wie:

#include <iostream>

int main() {
std::cout << "HelloWorld" << std::endl;
std::cin.sync();
std::cin.get();
return 0;
}

(Ein einfaches HelloWorld)
...würde auf keinem System Probleme beim Kompilieren bereiten.

Wenn du GUIs erstellen willst und die Programme auch auf Windows portieren willst, kannst du aber unter Linux natürlich keine WindowsAPI nutzen.
Ich würde dann z.B. eine Plattformunabghängige GUI-Lib wie wxWidgets nehmen.
Den Code kannste dann auch locker auf Windows kompilieren.

Jetzt kommen wir schon zu einer pikanteren Sache:
Wenn du kein Windows iwie zu verfügung hast und aus Folge dessem deine Programme für Windows unter Linux kompilieren willst, dann brauchste einen Cross-Compiler. (Ich weiß aber nicht wie sehr der in seinen Möglichkeiten eingeschränkt ist ... z.B. ob man damit dann auch unter Linux wxWidgets für Windows kompilieren kann).
Dann musste mal googlen. -> das ist ein etwas komplizierteres Thema.

ODER:

Du holtst dir Wine ... und eine Entwicklungsumgebung ... bzw einen Kompiler für Windows und installierst in auf Linux ... das wäre die einfachste Methode.
Bei mir hat das z.B. super mit Delphi 5 geklappt.
Es wurden einwandfreie GUI Programme für Windows ausgespuckt.
Hol dir aber dann am besten eine einfache IDE ... nicht das neuste Visual Studio ... ich weiß nämlich net, ob das unter Linux nicht Probleme macht, von wegen .Net (Ich weiß net wie Wine damit umgeht und/oder ob Wine sich dann auch Mono bedienen kann).

MFG
Fab


PS: Ich hoffe ich konnte dir helfen. Bei fragen kannste dich ja nochmal melden.